令許多人想象不到的是，有色金屬也是深受影響的大宗商品。因為有色金屬大國可能面臨嚴重的洪水或干旱，導致礦業受影響。金屬采礦過程中通常需要消耗大量水資源，在印尼、菲律賓等基礎設施薄弱的地區，礦業依賴于水運及水電能源供應，這些地區的礦業開采可能受到顯著影響。

法國興業銀行最近發布了“厄爾尼諾大宗商品指數”，用它衡量天氣現象對整個大宗商品市場的影響。該指數顯示，從以往記錄看，金屬鎳居然最有漲價潛力。自1991年以來，每逢厄爾尼諾現象發生，鎳價格平均上漲13%。法興銀行大宗商品研究全球負責人Michael Haigh對此解釋說，這是因為厄爾尼諾通常會使全球最大鎳產國印度尼西亞出現干旱，而印尼的采礦設備依賴水電。

除了鎳，厄爾尼諾大宗商品指數看好的還有銅。因為厄爾尼諾期間全球最大銅產國智利和秘魯會大量降雨，遭遇洪水的礦區會減產。標準銀行的分析師Leon Westgate認為，印尼的干旱可能會影響銅的供給，因為當地一條將銅精礦等原材料運出印度尼西亞的主干道——弗萊河(Fly River)會因干旱而水位下降。

海通證券認為，在厄爾尼諾發生時期，印度尼西亞、澳大利亞、南亞次大陸和巴西東北部均出現干旱，而從赤道中太平洋到南美西岸則多雨。從2013年智利、秘魯、印尼、澳大利亞和巴西這幾個主要的礦產國各種金屬占全球比例排序分析，鋰、銅、錫、銀、鋅和鎳六個品種是核心的受影響品種。